基因組高通量測(cè)序分析及生物信息繪圖上機(jī)實(shí)操班（鄭州站）

隨著新一代高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，在準(zhǔn)確度大大提高的前提下, 進(jìn)一步降低測(cè)序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜的特點(diǎn)，以至于不利用計(jì)算機(jī)根本無法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和分析。

隨著生物信息學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展，正在改變?nèi)藗冄芯可镝t(yī)學(xué)的傳統(tǒng)方式，高通量測(cè)序技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析技術(shù)已成為探索生物學(xué)底層機(jī)制和研究人類復(fù)雜疾病診斷、治療及預(yù)后的重要工具，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個(gè)領(lǐng)域，是 21 世紀(jì)生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。

「智能信息處理技術(shù)」為人力資源與社會(huì)保障部中國(guó)科學(xué)院北京分院國(guó)家級(jí)專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地培訓(xùn)點(diǎn)培訓(xùn)項(xiàng)目，「生物信息」為智能信息處理技術(shù)系列培訓(xùn)項(xiàng)目之一。

為進(jìn)一步推動(dòng)我國(guó)生物信息學(xué)特別是基因組學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心（中科院計(jì)算所技術(shù)轉(zhuǎn)移中心）舉辦「高通量測(cè)序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析」高級(jí)培訓(xùn)班，并由北京嘉誠(chéng)永恒科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：

一、培訓(xùn)內(nèi)容

時(shí)間：2017 年 3 月 23 日～3 月 27 日 ?（授課四天）

地點(diǎn)：河南 鄭州

（一）生物信息學(xué)介紹

生物信息學(xué)介紹與前沿技術(shù)動(dòng)態(tài)?

（二）序列的比對(duì)

1. 全局比對(duì) ?Clustalw,Muscle,Hmmer

2. 局部比對(duì) ?Blast, Sim4,Genewise

3. 序列比對(duì)算法分析

（三）基因組/基因注釋分析

1. 新一代測(cè)序技術(shù)原理和數(shù)據(jù)處理介紹

2. 基因組拼接與組裝基因組 de novo 組裝方法重復(fù)序列分析技術(shù)

3. RNA 分析 tRNA,rRNA,microRNA,snoRNARNA 干擾，SiRNA 預(yù)測(cè)技術(shù)

4. 基因預(yù)測(cè)原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus

5. 基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

（四）基因組學(xué)研究概述

1. structural genomics: 結(jié)構(gòu)基因組學(xué)

2. functional genomics: 功能基因組學(xué)

3. Drug discovery: 藥物研發(fā)

4. Personalized medicine：個(gè)性化、精細(xì)醫(yī)療?

（五）DNA 測(cè)序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進(jìn)化

1. 第一代測(cè)序技術(shù)：Sanger 測(cè)序原理

2. 第二代測(cè)序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent 原理

3. 第三代測(cè)序技術(shù)：PacBio, Hellicos 原理

4. 第四代測(cè)序技術(shù): Oxford NanoPore 原理

5. 其他技術(shù) Hybridization based methods (NabSys)

（六）Experimental ? procedure for transcriptomic analysis

1. Introduction

2. Number of duplications

3. Sequencing coverage

4. Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

5. Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

6. IsoSeq Experimental design

（七）Data analysis ?（part 1）：data pre-processing

1. evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析

2. Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup

3. Quality filter, trimmer, clipper?

（八）Data analysis（part 2）：reference free analyses（無參轉(zhuǎn)錄組分析）

1. Gene discovery?

2. Trinity de novo transcriptome assembly?

3. Analysis of Differential Expressed Gene（DEGs）

4. Abundance estimation using RSEM

5. Differential expression analysis using EdgeR

6. Explore the results (cummerbund)

7. MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

8. hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.?

（九）使用 R 語(yǔ)言進(jìn)行生物信息學(xué)相關(guān)的分析

使用 R 語(yǔ)言相關(guān)的包對(duì)轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)、富集分析等。生物信息學(xué)專業(yè)圖 KEGG、GO 等的繪制方法與運(yùn)用 R 語(yǔ)言進(jìn)行實(shí)現(xiàn)?

（十）基因組可視化軟件 circos 的使用

使用 circos 繪制基因組圈圖

（十一）生物信息學(xué)專業(yè)常用工具及繪圖方法

應(yīng)用生物信息常用的工具進(jìn)行專業(yè)繪圖及格式轉(zhuǎn)換；

學(xué) BioEdit、WeGO 等常用生物學(xué)專業(yè)軟件的圖表及格式轉(zhuǎn)換

二、聯(lián)系方式

聯(lián)系人：張琦

電話：17310133545，010-56234740

郵箱：hdzkyjsjs@163.com

QQ：1206492125（請(qǐng)備注鄭州培訓(xùn)）

主辦單位：中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所，北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心

編輯： 郁金香1130