第十二期基于TCGA及SEER等癌癥公共數據庫的信息挖掘會議

作者： 2018-12-29

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會議時間： 2019-01-25至 2019-01-27
會議地點：北京
電話：15838346159
傳真：暫無
聯系人：武桐
Email： szkxwyt@126.com
聯系地址：
會議網址：

各事業單位：身處大數據時代，對于從事腫瘤研究的臨床醫生或基礎科研人員，有沒有一種可以既不做實驗又不查病史，直接調用公共數據撰寫發表SCI論文的方法呢？TCGA和SEER等癌癥公共數據庫即提供了這樣一種可能。TCGA和SEER分別側重于組學數據和臨床數據，各有優勢。

TCGA（癌癥基因組圖譜）數據庫是一個多組學的數據庫，包括常見癌癥的基因組、轉錄組、蛋白組、表觀遺傳組數據和與其關聯的臨床數據，為挖掘有意義的組學變化和發現腫瘤發生、發展、轉移等生物學機制提供了海量數據。美國的SEER（癌癥監測、流行病學和結果）數據庫則是典型的臨床醫學數據庫，是北美最具代表性的大型腫瘤登記注冊數據庫之一，收集了各個癌種的海量臨床病理信息和預后數據，并向全世界免費開放，為臨床醫師的循證實踐及臨床研究提供了寶貴的第一手資料。

據不完全統計，全世界基于TCGA和SEER數據挖掘產生的文章已經超過2000篇，其中不乏最頂尖的學術期刊文章（如JAMA、新英格蘭、Nature、Cell等），這一數目還在不斷增長中。

以往的TCGA課程往往側重于R語言程序的講解，不少學員反應難以掌握。本課程立足應用和實戰，宗旨是“臨床醫生聽得懂、學得會，科研人員亦有收獲”。

本課程將從臨床應用視角介紹癌癥公共數據庫TCGA、SEER的基本情況、數據庫結構、數據獲取方式及基本統計方法等，深度解析近年講課人發表的基于TCGA和SEER數據挖掘的經典案例，重點對癌癥公共數據庫的數據挖掘和課題設計進行討論，最后也將探討在此基礎上的基金申請、SCI論文撰寫策略。

學習目標：

本次培訓提供了一次系統掌握TCGA和SEER等癌癥公共數據庫數據結構、挖掘方法及分析流程的機會，目的在于助力有志于利用這些公共數據庫的臨床醫生以及轉化研究的科研人員，幫助研究者去更好地挖掘利用這些免費的公共數據。本次培訓不側重于深入的生物信息學分析講授，擬解決的問題包括：

1、如何基于TCGA及SEER等癌癥公共數據庫設計課題；

2、TCGA及SEER數據庫的數據下載；

3、獲取數據后如何分析；

4、如何在此基礎上撰寫SCI論文及申請科研基金。

主講專家:

本次主講老師是來自國內知名三甲醫院腫瘤專業的臨床醫生和科研工作者，有著豐富的臨床和轉化研究經驗。以一作和通訊作者發表SCI論文26篇，10分以上論文4篇，累計影響因子176。其中成功用TCGA、SEER數據庫發表十幾篇SCI，平均影響因子4.6分一篇。目前主持國家自然科學基金面上項目及多項省部級人才項目，擔任一本SCI雜志的Section editor，以及多本影響因子5分以上SCI雜志審稿人。

報名方式：請各單位接此通知后，盡快確定參會人員，認真填寫報名回執并傳真至：0371-86073066或發E-mail至: szkxwyt@126.com? ?，會務組收到回執后將通知相關報到事宜。

聯系方式：

電? 話/傳真：0371-86073066? ? ? ? ? ? ? ? ?QQ：821087538聯系人：

武桐 158-383-46159（同微信）? ? ? ? ? ? ? E_mail：szkxwyt@126.com

附件二：課程大綱題目內容

第一天上午：TCGA數據庫入門

1.? 什么是TCGA？TCGA數據庫基本概念介紹（數據類型、數據級別及barcode）

2.? 哪里獲取TCGA數據？（實戰）TCGA數據獲取方法（下載單樣本數據與匯總數據表）

3.? 如何利用TCGA數據撰寫論文？結合講者發文案例，進行基于TCGA數據庫發表文章的深度解析

第一天下午：SEER數據庫入門

1. 什么是SEER？SEER數據庫基本概念介紹（數據構成、變量類型）

2. 哪里獲取SEER數據？（實戰）SEER軟件安裝、權限申請及數據獲取3.? 如何利用SEER數據撰寫論文？結合講者發文案例，進行基于SEER數據庫發表文章的深度解析