宏基因組分析專題研討班（北京3月）

作者： 2018-12-29

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會議時間： 2019-03-02至 2019-03-03
會議地點：北京
電話：18618295767
傳真：暫無
聯系人：張老師
Email： bcc_peixun@163.com
聯系地址：北京市海淀區豐賢中路7號北科產業3號樓
會議網址：

計算中心生物部一直以來都以最前沿的課程、理論與實踐相結合和高品質的服務為廣大科研工作者提供全面的生物信息課程。

為了解決科研工作者在宏基因組樣品制備、數據分析、功能基因挖掘等的困擾，生物部特推出《宏基因組分析專題研討班》。專業的講課老師團隊與您一起交流，解決您的困擾、探討科研奧秘、拓寬科研思路、挖掘科學價值，歡迎您報名參加！

主辦單位：中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會

承辦單位：北京市計算中心

舉辦地：北京，北京市海淀區豐賢中路7號北科產業3號樓

培訓時間：2019.3.2-3? 9:30-12:00 13:30-17:00

日期	授課題目	授課內容
第一天	宏基因學研究的發展和挑戰	1、宏基因組研究的發展歷史? 2、典型的宏基因組研究及應用? 3、兩種宏基因組研究的策略? 4、宏基因組數據分析中的挑戰? 5、數據分析過程中的編程簡介
第一天	QIIME在宏基因組分析中的應用（上機操作）	1．linux常用命令使用和上機操作? 2、單樣品物種多樣性分析? A）序列聚類OTUs（Operational ?Taxonomic Units）? B）測序深度判定（Rarefaction Curve）? C）物種多樣性及豐度分析（Relative Abundances）? 3、多樣品物種多樣性分析，包括以下內容：? A）多樣品OTUs比較（OUT Heatmap、Venn圖）? B）多樣品相似度比對（UPGMA?聚類分析）? C）多樣品群落構成比較分析（柱狀圖）? D）Weighted PCA（Principal ?Component Analysis）分析? E）Unweighted PCA分析? F）組間差異顯著性分析
第二天上午	基于shotgun測序的宏基因組數據分析技術	一、WGS測序分析的一般流程? 1?流程概覽? 2?文庫構建和測序方式選擇? 3?質量控制和污染序列去除? 4?序列整合和分選? 5 NR-BLAST和MEGAN分析? 6?序列拼接和基因預測注釋? 7?循環處理? 二、經常使用的數據資源和工具（重點）? 1 NR/MG-RAST和reference 2 RAPSearch和alignment 3 MEGAN和classification 4 SOAP-denovo和assembly 5 BWA/inGAP和mapping 三、數據統計與結果展示（重點）? 1?測序量和拼接效率? 2?從比對文件中提取信息? 3?物種/功能分類和組成? 4?群落結構多樣性? 5?聚類和相關性? 6?其它……? 四、WGS測序分析的典型案例? 1?人類微生物組計劃-HMP 2?地球微生物組計劃-EMP 3?反芻動物胃宏基因組? 4?環境病毒組和噬菌體? 5?從相關案例看WGS的優勢? 五、一些工具的操作演示（上機）
第二天下午	宏基因組研究的難點：宏基因組拼接\非拼接策略的數據分析	1.宏基因組拼接必要性? 2.基因組拼接組裝算法原理和流程? 3.?宏基因組拼接的特點及難點? 4.?基于非拼接的宏基因組研究策略? 5.上機操作，演示SOAPdenovo2, MetaIDBA，?SPAdes等軟件的使用