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      實用微生物組學信息分析精品班(北京3月21日)

      作者:   2018-12-29
      字體大小:
      • 會議時間: 2019-03-21至 2019-03-24
      • 會議地點: 北京
      • 電話:18618295767
      • 傳真:暫無
      • 聯系人:張老師
      • Email: bcc_peixun@163.com
      • 聯系地址:北京市海淀區豐賢中路7號北科產業3號樓
      • 會議網址:

      為幫助各領域廣大科研人員解決從方案設計、數據解讀、圖表繪制、數據挖掘和文章設計各環節中遇到的問題。北京市計算中心特聘請XX一線項目經驗豐富的科研人員精心組織了本次培訓課程,為保證聽課質量和教學質量,本研討班采用小班授課方式。課程內容針對性極強、上機實踐比重更達到70%,整套課程教學目的明確,從微生物組學實驗方案的宏觀到細節再到注意事項的講解,為項目能產出更有效的測序數據打下堅實的基礎,上機實踐課程貫穿從測序數據下機后質量評估、物種注釋到數據分析和結果呈現整個流程。誠邀各領域廣大科研工作者和高校教師及研究生報名參加!

      主辦單位:中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會

      承辦單位:北京市計算中心

      培訓地點:北京海淀區豐賢中路7號3號樓,北京市計算中心三層會議室

      培訓時間:2019年3.21-24日(報名中)上午:9:30 - 12:00 下午:1:30 – 5:00

      主講老師:

      王金鋒:

      博士,副研究員,碩士生導師。2004年畢業于沈陽師范大學生物系。2007年畢業于南京師范大學生命科學學院,獲碩士學位。2010年畢業于中國科學院海洋研究所,獲理學博士學位。2011年起進入中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學研究組參加工作,任助理研究員,主要從事微生物組學和生物信息學方向的研究。

      2016年起任副研究員,中國科學院大學碩士生導師。迄今已在Gut,Nature Communications,Genome Biology和Environmental Microbiology等雜志上發表第一(或共同第一)作者和通訊作者論文10余篇,累計被引用400余次,合作發表論文20余篇。

      ?作為項目負責人主持了國家自然科學基金項目(青年項目和面上項目),國家重點研發計劃生物安全項目子課題、中國科學院重點部署項目微生物組計劃子課題、技術創新項目等,并作為項目骨干參與了國家自然科學基金重大研究計劃等多項課題。《Frontiers of Environmental Science and Engineering》、《AIMS Microbiology》、《Genomics, Proteomics& Bioinformatics》、《BioMed Research International》和《遺傳》等雜志審稿人。

      研究領域:1.微生物互作與菌群塑造。2.人體微生物組與健康。

      史文聿 :

      博士,助理研究員。2010年于中央民族大學獲得統計學學士學位,2017年于中國科學院北京生命科學研究院獲得遺傳學博士學位,目前就職于中科院微生物所微生物資源與大數據中心,研究工作包括生物信息學算法開發,生物信息(宏基因組學、比較基因組學)數據挖掘,生物信息大數據平臺構建,有豐富的生物信息數據處理經驗,于Nucleic Acids Res、Gut等國際學術刊物上發表過第一作者生物信息學算法和微生物組數據挖掘論文。有數理統計背景,在人工智能算法、大數據數據挖掘方法上亦有工作經驗。于中國科學院大學、中國科學院微生物研究所等地教授過生物信息相關課程,有豐富的授課經驗。

      Shi, W., Ji, P., & Zhao, F.(2016). Thecombination of direct and paired link graphs can boost repetitivegenomeassembly. Nucleic Acids Research, 45(6), e43-e43.

      Wang, J.,^ Zheng, J.,^ Shi, W.,^et al.(2018). Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associatedwithgestational diabetes mellitus. Gut, doi:10.1136/ gutjnl-2018-315988

      日期

      上課時間

      授課題目

      授課內容

      第一天

      9:30-12:00

      微生物組學研究概論及進展

      1、微生物組研究的發展歷史

      2、微生物測序分析技術及實驗技術原理

      3、研究熱點分享

      13:30-17:00

      經典案例分享和方案設計與文章架構設計

      1、微生物組學經典文章回顧,未來微生物組學發展方向

      2、已發表各類精品文章的經驗總結:包括經典項目總體設計思路、遇到的困難及解決方案

      3、文章寫作經驗分享,包括文章架構設計、語言風格、結果呈現等寫作技巧

      第二天

      9:30-12:00

      Linux基礎操作

      1、Linux常用命令使用和上機操作

      2、Linux環境下軟件安裝

      16s測序分析結果解讀

      1、OUT分析

      2、物種分類與豐度分析

      3、Alpha多樣性分析

      4、Beta多樣性分析

      5、顯著性差異分析

      13:30-17:00

      16s數據分析

      (上機)

      1、質控與數據拼接

      2、OTU聚類

      3、物種注釋

      4、統計分析:(1)α多樣性分析;(2)β多樣性分析;(3)群落結構及豐度分析;(4)進化分析;(5)差異分析(Lefse);(6)功能分析(picrust)。

      第三天

      9:30-12:00

      宏基因組測序分析結果解讀

      1、物種注釋分析

      2、差異物種分析

      3、差異基因分析

      4、功能注釋分析

      5、MGS分析

      13:30-17:00

      宏基因組數據分析(上機)

      1、質控

      2、拼接組裝

      3、聚類Binning:TETRA; ?MetaCluster; Phymm等

      4、基因注釋:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator等

      5、功能注釋:RAMMCAP;Blast等

      6、統計分析:(1)物種分析;(2)功能分析;(3)差異分析;(4)比較分析

      第四天

      9:30-12:00

      R的數據處理功能及統計應用

      1、R的安裝、運行與使用

      2、R語法介紹(R基本符號)

      3、R數據處理,對R語言中常用的數據結構包括向量,數組,矩陣,列表,數據框等的介紹、使用方法及使用范圍

      13:30-17:00

      R繪圖功能在微生物組學信息分析中的應用

      1、基礎繪圖工具(繪圖函數、參數、畫圖面板分割及圖形的保存)

      2、微生物組學數據結果制作案例實際操作

      ?

      (課程內容以實際授課為準)

      注:參加培訓班的學員投稿《中國生物工程雜志》,通過審稿的論文將會優先發表。

      【講師團隊】

      邀請中科院、北大、軍科院和北京市計算中心一線工作經驗豐富的老師主講。

      【報名費用】培訓費:5200元/人(材料費、上機費、午餐費,請自帶筆記本電腦以備上機實踐使用) 材料:《高通量測序與高性能計算理論和實踐》北京科學技術出版社。

      附近最近酒店為:如家酒店(永豐店),可自行網上預定,費用自理。

      【報名優惠政策】

      1、3.6前報名成功并繳費每人可優惠300元

      2、3人以上團體報名每人可減少300元;

      3、4+1團報,可免費贈送一個名額;

      老學員參加及老學員推薦參加的學員均可額外優惠200元。

      培訓座位按收到報名表先后順序安排。

      編輯: 會議君   

      聲明:

      1.丁香會議頻道僅負責發布會議信息,如需參會、獲取邀請函或會議日程,請與主辦單位聯系

      2.部分會議信息來自互聯網,如您發現信息有誤,請聯系meeting@dxy.cn糾錯

      3.如您發現信息不全,可點擊Google搜索更多

      4.更多服務信息請點擊這里

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