實用微生物組學信息分析精品班

作者： 2019-03-27

字體大小：

會議時間： 2019-06-20至 2019-06-23
會議地點：北京
電話：18618295767
傳真：暫無
聯(lián)系人：張老師
Email： bcc_peixun@163.com
聯(lián)系地址：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓
會議網(wǎng)址：

為幫助各領(lǐng)域廣大科研人員解決從方案設(shè)計、數(shù)據(jù)解讀、圖表繪制、數(shù)據(jù)挖掘和文章設(shè)計各環(huán)節(jié)中遇到的問題。北京市計算中心特聘請XX一線項目經(jīng)驗豐富的科研人員精心組織了本次培訓課程，為保證聽課質(zhì)量和教學質(zhì)量，本研討班采用小班授課方式。課程內(nèi)容針對性極強、上機實踐比重更達到70%，整套課程教學目的明確，從微生物組學實驗方案的宏觀到細節(jié)再到注意事項的講解，為項目能產(chǎn)出更有效的測序數(shù)據(jù)打下堅實的基礎(chǔ)，上機實踐課程貫穿從測序數(shù)據(jù)下機后質(zhì)量評估、物種注釋到數(shù)據(jù)分析和結(jié)果呈現(xiàn)整個流程。誠邀各領(lǐng)域廣大科研工作者和高校教師及研究生報名參加！

主辦單位：中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會

承辦單位：北京市計算中心

培訓地點：北京海淀區(qū)豐賢中路7號3號樓，北京市計算中心三層會議室

培訓時間：2019年6月20-23日（報名中）上午：9：30 - 12：00 下午：1：30 – 5：00

主講老師：

王金鋒：

博士，副研究員，碩士生導(dǎo)師。2004年畢業(yè)于沈陽師范大學生物系。2007年畢業(yè)于南京師范大學生命科學學院，獲碩士學位。2010年畢業(yè)于中國科學院海洋研究所，獲理學博士學位。2011年起進入中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學研究組參加工作，任助理研究員，主要從事微生物組學和生物信息學方向的研究。2016年起任副研究員，中國科學院大學碩士生導(dǎo)師。迄今已在Gut，Nature Communications，Genome Biology和Environmental Microbiology等雜志上發(fā)表第一（或共同第一）作者和通訊作者論文10余篇，累計被引用400余次，合作發(fā)表論文20余篇。

作為項目負責人主持了國家自然科學基金項目（青年項目和面上項目），國家重點研發(fā)計劃生物安全項目子課題、中國科學院重點部署項目微生物組計劃子課題、技術(shù)創(chuàng)新項目等，并作為項目骨干參與了國家自然科學基金重大研究計劃等多項課題。《Frontiers of Environmental Science and Engineering》、《AIMS Microbiology》、《Genomics, Proteomics& Bioinformatics》、《BioMed Research International》和《遺傳》等雜志審稿人。

研究領(lǐng)域：1.微生物互作與菌群塑造。2.人體微生物組與健康。

史文聿：

博士，助理研究員。2010年于中央民族大學獲得統(tǒng)計學學士學位，2017年于中國科學院北京生命科學研究院獲得遺傳學博士學位，目前就職于中科院微生物所微生物資源與大數(shù)據(jù)中心，研究工作包括生物信息學算法開發(fā)，生物信息（宏基因組學、比較基因組學）數(shù)據(jù)挖掘，生物信息大數(shù)據(jù)平臺構(gòu)建，有豐富的生物信息數(shù)據(jù)處理經(jīng)驗，于Nucleic Acids Res、Gut等國際學術(shù)刊物上發(fā)表過第一作者生物信息學算法和微生物組數(shù)據(jù)挖掘論文。有數(shù)理統(tǒng)計背景，在人工智能算法、大數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)挖掘方法上亦有工作經(jīng)驗。于中國科學院大學、中國科學院微生物研究所等地教授過生物信息相關(guān)課程，有豐富的授課經(jīng)驗。

Shi, W., Ji, P., & Zhao, F. (2016).Thecombination of direct and paired link graphs can boost repetitivegenomeassembly. Nucleic Acids Research, 45(6), e43-e43.

Wang, J.,^ Zheng, J.,^ Shi, W.,^ etal.(2018). Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associatedwithgestational diabetes mellitus. Gut, doi:10.1136/ gutjnl-2018-315988

授課題目	授課內(nèi)容
微生物組學研究概論及進展	1、微生物組研究的發(fā)展歷史 2、微生物測序分析技術(shù)及實驗技術(shù)原理 3、研究熱點分享
經(jīng)典案例分享和方案設(shè)計與文章架構(gòu)設(shè)計	1、微生物組學經(jīng)典文章回顧，未來微生物組學發(fā)展方向 2、已發(fā)表各類精品文章的經(jīng)驗總結(jié)：包括經(jīng)典項目總體設(shè)計思路、遇到的困難及解決方案 3、文章寫作經(jīng)驗分享，包括文章架構(gòu)設(shè)計、語言風格、結(jié)果呈現(xiàn)等寫作技巧
Linux基礎(chǔ)操作	1、Linux常用命令使用和上機操作 2、Linux環(huán)境下軟件安裝
16s測序分析結(jié)果解讀	1、OUT分析 2、物種分類與豐度分析 3、Alpha多樣性分析 4、Beta多樣性分析 5、顯著性差異分析
16s數(shù)據(jù)分析（上機）	1、質(zhì)控與數(shù)據(jù)拼接 2、OTU聚類 3、物種注釋 4、統(tǒng)計分析：（1）α多樣性分析；（2）β多樣性分析；（3）群落結(jié)構(gòu)及豐度分析；（4）進化分析；（5）差異分析(Lefse)；（6）功能分析(picrust)。
宏基因組測序分析結(jié)果解讀	1、物種注釋分析 2、差異物種分析 3、差異基因分析 4、功能注釋分析 5、MGS分析
宏基因組數(shù)據(jù)分析（上機）	1、質(zhì)控 2、拼接組裝 3、聚類Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等 4、基因注釋：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等 5、功能注釋：RAMMCAP；Blast等 6、統(tǒng)計分析：（1）物種分析；（2）功能分析；（3）差異分析；（4）比較分析
R的數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計應(yīng)用	1、R的安裝、運行與使用 2、R語法介紹（R基本符號） 3、R數(shù)據(jù)處理，對R語言中常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)包括向量，數(shù)組，矩陣，列表，數(shù)據(jù)框等的介紹、使用方法及使用范圍
R繪圖功能在微生物組學信息分析中的應(yīng)用	1、基礎(chǔ)繪圖工具（繪圖函數(shù)、參數(shù)、畫圖面板分割及圖形的保存） 2、微生物組學數(shù)據(jù)結(jié)果制作案例實際操作 ?