TCGA、GEO及SRA公共數(shù)據(jù)庫(kù)深度挖掘與應(yīng)用培訓(xùn)班(7月)

當(dāng)今，生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)的產(chǎn)出已經(jīng)非常龐大，利用這些公共數(shù)據(jù)資源并融入自己的構(gòu)想，然后分析解決生物學(xué)問(wèn)題將是以后的關(guān)鍵，也是目前科研的熱點(diǎn)。各種公共數(shù)據(jù)庫(kù)呈井噴式發(fā)展，如TCGA、GEO和SRA。TCGA（癌癥基因組圖譜）是全球最大的癌癥基因信息數(shù)據(jù)庫(kù)，是一個(gè)多組學(xué)的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括常見(jiàn)癌癥的基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、表觀遺傳組數(shù)據(jù)和與其關(guān)聯(lián)的臨床數(shù)據(jù)，為挖掘有意義的組學(xué)變化和發(fā)現(xiàn)腫瘤發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移等生物學(xué)機(jī)制提供了海量數(shù)據(jù)。

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)是當(dāng)今最大、最全面的公共基因表達(dá)數(shù)據(jù)資源。不僅可以上傳自己的數(shù)據(jù)，而且還可以免費(fèi)下載數(shù)據(jù)庫(kù)中和自己研究方向類(lèi)似甚至相同的數(shù)據(jù)來(lái)進(jìn)行分析，為自己的研究提供一些啟示或者驗(yàn)證。SRA是NCBI上常用的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。它接受通過(guò)二代測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)以及與其相關(guān)的質(zhì)控報(bào)告。但是面對(duì)這些極其有價(jià)值的公共數(shù)據(jù)時(shí),科研人員往往心有余而力不足，而且面對(duì)市面上的浩如煙海的各類(lèi)教程也是一頭霧水。本次培訓(xùn)提供了一次系統(tǒng)了解TCGA等數(shù)據(jù)產(chǎn)生，分析及挖掘的課程，幫助科研人員利用這些公共數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘多組學(xué)數(shù)據(jù)，以便為自身科研項(xiàng)目服務(wù)。

授課對(duì)象：從事腫瘤研究的臨床醫(yī)生、轉(zhuǎn)化研究科研人員、在校研究生以及廣大臨床腫瘤研究領(lǐng)域的愛(ài)好者。

舉辦時(shí)間：?

2019.7.9-12（報(bào)名中）

上午9：30-12:00

下午13:30-17:00.

一、Linux操作基礎(chǔ)及常見(jiàn)命令

1、Linux系統(tǒng)操作

2、基本上機(jī)命令

二、R語(yǔ)言基礎(chǔ)及實(shí)操

1、R語(yǔ)言簡(jiǎn)介

2、R基本數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，各種軟件包下載和安裝

3、R編程基礎(chǔ)及語(yǔ)句判斷

三、SRA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用

1、數(shù)據(jù)挖掘概述；

2、高通量組學(xué)研究基礎(chǔ)知識(shí)；

3、SRA數(shù)據(jù)庫(kù)在線工具的應(yīng)用；

4、SRA數(shù)據(jù)上傳與下載

四、GEO數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用

1、GEO在線工具的應(yīng)用；

2、GEO數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)質(zhì)量分析；

3、GEO芯片數(shù)據(jù)處理

五、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用

1、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)基本概念介紹及數(shù)據(jù)獲取

2、操作實(shí)戰(zhàn)： TCGA數(shù)據(jù)獲取，不同類(lèi)型數(shù)據(jù)的使用

3、基于發(fā)表文章的TCGA數(shù)據(jù)分析作圖實(shí)例

六、TCGA及生物網(wǎng)絡(luò)調(diào)控分析

1、基因表達(dá)譜的PPI網(wǎng)絡(luò)挖掘

2、利用cytoscape進(jìn)行miRNA-mRNA互作網(wǎng)絡(luò)、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)上機(jī)操作

七、公共數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘文獻(xiàn)解析

1、基于TCGA和GEO數(shù)據(jù)挖掘文章的深度解析及復(fù)現(xiàn)（結(jié)合具體實(shí)例）；

2、如何做成發(fā)表文章中的圖表

3、經(jīng)典文獻(xiàn)解析及復(fù)現(xiàn)；

4、如何利用TCGA和GEO進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘及臨床轉(zhuǎn)化課題設(shè)計(jì)

報(bào)名費(fèi)用

注冊(cè)費(fèi)：3000元/人，包括學(xué)費(fèi)、材料費(fèi)、午餐費(fèi)等。請(qǐng)自帶筆記本電腦。 材料：《高通量測(cè)序與高性能計(jì)算理論和實(shí)踐》北京科學(xué)技術(shù)出版社。

報(bào)名優(yōu)惠政策

1、2019.6.25日前報(bào)名并繳費(fèi)，可享受減免200元優(yōu)惠。

2、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元；

3、4+1團(tuán)報(bào)，可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額；

4、上面3種優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受，只能享受其中一種。

老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。

培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費(fèi)為成功報(bào)名，培訓(xùn)座位按收到費(fèi)用先后順序安排。

聯(lián)系咨詢(xún)：QQ號(hào)：3498448850

張老師 18618295767(微信同號(hào)）? ? 郵箱：bcc_peixun@163.com

編輯： 會(huì)議君