丁香園基因課 2019 暑期 R 語(yǔ)言與數(shù)據(jù)表達(dá)培訓(xùn)班（40 人精品小班）

作者： 2019-06-20

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會(huì)議時(shí)間： 2019-07-20至 2019-07-22
會(huì)議地點(diǎn)：北京
電話：13033603379
傳真：暫無(wú)
聯(lián)系人：陳老師
Email： chenyu1@dxy.cn
聯(lián)系地址：
會(huì)議網(wǎng)址：

由丁香園主辦 R 語(yǔ)言與數(shù)據(jù)表達(dá)挖掘?qū)ｎ}會(huì)議定于 2019 年暑期在北京、廣州、杭州、上海召開(kāi)。通過(guò) 3 天的培訓(xùn)可自行完成轉(zhuǎn)錄組基本分析以及表達(dá)數(shù)據(jù)的深度挖掘與繪圖。

歡迎廣大學(xué)者、師生參會(huì)交流，同時(shí)請(qǐng)相關(guān)單位轉(zhuǎn)發(fā)本會(huì)議通知，感謝支持！

會(huì)議主題

R 語(yǔ)言與數(shù)據(jù)表達(dá)挖掘?qū)ｎ}

會(huì)議特色

通過(guò)三天的現(xiàn)場(chǎng)教學(xué)，幫助學(xué)員：

1. 獲得比較扎實(shí)的 R 語(yǔ)言基礎(chǔ)；
2. 能夠用 R 語(yǔ)言進(jìn)行數(shù)據(jù)分析；
3. 能夠使用 ggplot2 繪制常見(jiàn)圖形；
4. 掌握 PCA、共表達(dá)、聚類、Heatmap、富集、Cytoscape 等分析；
5. 掌握 GEO、TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)的下載、挖掘。

增值服務(wù)

課程所有理論均有現(xiàn)場(chǎng)實(shí)操練習(xí)
贈(zèng)送相關(guān)生物信息教材贈(zèng)送 14 門以上視頻課程
贈(zèng)送自動(dòng)化腳本、流程和測(cè)試數(shù)據(jù)
贈(zèng)送高性能服務(wù)器，免費(fèi)用一整年
加入 VIP 交流答疑群

會(huì)議安排

第一天 9:00～12:00

R 語(yǔ)言基礎(chǔ)

1. R語(yǔ)言介紹
2. 快速入門：通過(guò)一個(gè)例子，30分鐘理解編程語(yǔ)言的體系框架
3. 環(huán)境部署：R、Rstudio、包的安裝
4. 數(shù)據(jù)類型：數(shù)值型、字符型、邏輯型
5. 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：向量、數(shù)據(jù)框、列表、因子等
6. 流程控制：循環(huán)、條件
7. 輸入輸出

第一天 14:00～18:00

表達(dá)數(shù)據(jù)挖掘原理

1. 表達(dá)芯片與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序原理
2. 表達(dá)數(shù)據(jù)挖掘思路串講，鎖定關(guān)鍵基因與鎖定關(guān)鍵樣本有哪些方法？
3. 差異表達(dá)與假設(shè)檢驗(yàn)，更多生物學(xué)重復(fù)還是更多數(shù)據(jù)量？
4. 富集分析，多種富集分析方法，GSEA等？
5. 相關(guān)性分析，生物學(xué)重復(fù)好不好？如何提取表達(dá)模式相似的基因？
6. 主成分分析，降低數(shù)據(jù)維度，簡(jiǎn)化分析
7. 聚類分析？搞清楚樣本關(guān)系，將功能相似的基因聚成模塊
8. WGCNA：探索模塊與性狀的關(guān)系，腫瘤分期如何作為性狀？
9.有哪些其他領(lǐng)域的研究方法可以推廣到醫(yī)學(xué)研究中？

第二天 9:00～12:00

表達(dá)數(shù)據(jù)挖掘?qū)嵅?br />1. 差異表達(dá)分析及火山圖繪制
2. 富集分析及圖表繪制
3. 相關(guān)性分析及繪圖
4. 聚類分析與繪圖
5. Heatmap 繪圖，各種復(fù)雜的熱圖繪制

第二天 14:00～18:00

表達(dá)數(shù)據(jù)挖掘?qū)嵅?/p>

1. 主成分分析與繪圖
2. WGCNA，加權(quán)共表達(dá)分析與繪圖
3. Cytoscape 網(wǎng)絡(luò)圖繪圖
4. 富集分析，GSEA
5. 生存分析會(huì)繪圖

第三天 9:00～12:00

GEO 與 TCGA 數(shù)據(jù)挖掘

1. SRA 數(shù)據(jù)庫(kù)介紹
2. GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及數(shù)據(jù)下載和整理
3. TCGA 腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及數(shù)據(jù)下載和整理
4. GEO、TCGA 分析流程和代碼參數(shù)講解（贈(zèng)送全套流程代碼）

第三天 14:00～18:00

Tidyverse：數(shù)據(jù)處理與ggplot2繪圖

1. Ti bble 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)介紹，與數(shù)據(jù)框的轉(zhuǎn)換
2. 使用 tidyr 進(jìn)行數(shù)據(jù)變形
3. 使用 dplyr 進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和統(tǒng)計(jì)
4. ggplot2 基本概念：圖層、映射、標(biāo)度、幾何對(duì)象、統(tǒng)計(jì)變換、主題、坐標(biāo)
5. 繪圖實(shí)戰(zhàn)：散點(diǎn)圖、條形圖、直方圖、箱線圖、小提琴圖、密度圖等
6. 圖形美化：主題設(shè)置
7. 實(shí)用技巧：分面、一頁(yè)多圖等

會(huì)議時(shí)間

北京? ? ?2019/7/20-22

廣州? ? ?2019/7/27-29

杭州? ? ?2019/8/10-12

上海? ? ?2019/8/17-19

會(huì)場(chǎng)地址請(qǐng)咨詢會(huì)務(wù)組人員。

會(huì)議費(fèi)用

報(bào)名費(fèi)原價(jià) 3500 元/人，老學(xué)員價(jià) 3300 元/人，團(tuán)體價(jià) 3000元/人。

報(bào)名費(fèi)僅包含學(xué)習(xí)及資料費(fèi)用，交通、食宿自理。

繳費(fèi)方式（二選一）：