生物醫(yī)學(xué)公共數(shù)據(jù)深度挖掘及應(yīng)用培訓(xùn)(8月）

還在認為沒有實驗就不能發(fā)表論文？手頭有很多數(shù)據(jù)，不知道該怎么進一步挖掘？還在為不知道如何找靶點而苦惱？還在為不精通挖掘GEO、TCGA等數(shù)據(jù)庫而痛苦不堪？還在為不會那些高達上的圖表而暗自傷神？快來參加北京市計算中心舉辦的生物醫(yī)學(xué)公共數(shù)據(jù)深度挖掘及應(yīng)用培訓(xùn)班吧！

本次培訓(xùn)對目前公共數(shù)據(jù)挖掘熱點進行系統(tǒng)介紹，提供一次系統(tǒng)了解TCGA、GEO、SRA、ENCODE等數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)產(chǎn)生、分析及挖掘的課程。通過大量演練操作，幫助科研人員利用這些公共數(shù)據(jù)庫挖掘多組學(xué)數(shù)據(jù)，以便為自身科研項目服務(wù)。

授課對象：

從事生物醫(yī)學(xué)研究的臨床醫(yī)生、轉(zhuǎn)化研究科研人員

課題經(jīng)費不足，無法進行大規(guī)模測序，但需要發(fā)表SCI論文的相關(guān)研究人員

已獲得轉(zhuǎn)錄組、基因組等多組學(xué)數(shù)據(jù)，需要進一步挖掘分析人員

對生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)分析與挖掘感興趣的其他人員。

培訓(xùn)效果

• 跟蹤公共數(shù)據(jù)挖掘前沿?zé)狳c，沒有課題的時候找到課題

• 短、平、快，為基金申請保駕護航，發(fā)表paper如虎添翼

• 掌握多組學(xué)數(shù)據(jù)分析核心技能，GEO、TCGA、SRA數(shù)據(jù)處理沒有壓力

科研繪圖：以一敵百，高端大氣，私人訂制

主辦單位：北京市計算中心

協(xié)辦單位：北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心

舉辦 地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓

課程安排：2019年8.29-9.1日? 9：30-12：00，13：30-17：00

一、公共數(shù)據(jù)庫挖掘熱點介紹

疾病診斷biomarker鑒定、疾病預(yù)后biomarker鑒定、可變剪切與預(yù)后相關(guān)分析、腫瘤免疫分析、多組學(xué)泛癌癥分析、人工智能研究在病理切片識別上的應(yīng)用、人工智能在致癌去分化相關(guān)的干性特征研究

二、常用生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫介紹

大型綜合數(shù)據(jù)庫介紹：NCBI、KEGG、Ensembl

公共高通量測序數(shù)據(jù)庫：SRA

公共基因表達譜數(shù)據(jù)庫：GEO

公共癌癥多組學(xué)數(shù)據(jù)庫：TCGA

公共表觀數(shù)據(jù)庫：ENCODE、Roadmap、regulomeDB

各大數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)下載

三、基于公共數(shù)據(jù)的Biomarker挖掘鑒定演練(上)? ?差異表達分析及結(jié)果可視化：

1.? ? ?edgeR包使用

2.? ? ?火山圖繪制

3.? ? ?聚類熱圖繪制

四、GO、KEGG功能富集分析及結(jié)果可視化：

1.? ? ?DAVID在線工具使用

2.? ? ?GO富集分析

3.? ? ?KEGG富集分析

4.? ? ?富集分析氣泡圖繪制

五、基因/蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵節(jié)點識別

1.? ? ?利用string數(shù)據(jù)庫查詢基因/蛋白相互作用

2.? ? ?利用cytoscape工具構(gòu)建相互作用網(wǎng)絡(luò)

3.? ? ?網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)分析、關(guān)鍵基因識別

六、基于公共數(shù)據(jù)的Biomarker挖掘鑒定演練(下)

預(yù)后相關(guān)性分析、生存曲線、ROC曲線繪制：

1.? ? ?利用R包進行單因素及多因素預(yù)后分析

2.? ? ?生存曲線繪制、生存曲線差異顯著性分析

3.? ? ?ROC曲線繪制

七、多組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析演練（上）? ? ? ? 甲基化與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練

1.? ? ?甲基化數(shù)據(jù)預(yù)處理

2.? ? ?差異甲基化位點及區(qū)域識別

3.? ? ?甲基化與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析

八、多組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析演練（下）? ? ? ? lncRNA-miRNA-mRNA全轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練

1.? ? ?lncRNA表達譜數(shù)據(jù)獲取

2.? ? ?miRNA靶基因分析

3.? ? ?lncRNA與mRNA表達相關(guān)性分析

4.? ? ?ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及結(jié)果可視化

九、討論與答疑

注：全部實操課程只需要攜帶個人筆記本電腦。

注：參加培訓(xùn)班的學(xué)員投稿《中國生物工程雜志》，通過審稿的論文將會優(yōu)先發(fā)表。

講師介紹：

講師團隊具有豐富實踐經(jīng)驗、一線分析人員親自授課；

裴老師，博士，北京市科學(xué)技術(shù)研究院副研究員，中國科學(xué)院北京市基因組所，博士后，北京市計算中心生物計算事業(yè)部生物信息工程師。從事基因組與生物信息學(xué)研究多年，具有良好的遺傳學(xué)及生物信息學(xué)研究背景與技術(shù)，具有大模型數(shù)據(jù)分析能力，從事關(guān)于遺傳學(xué)、基因組學(xué)與生物信息學(xué)工作多年，具有大數(shù)據(jù)分析與機器學(xué)習(xí)技術(shù)工作經(jīng)驗。熟悉各種生物學(xué)與統(tǒng)計學(xué)專業(yè)軟件與分析方法。具有較豐富的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析、處理與高性能計算機的運用、程序開發(fā)及數(shù)據(jù)庫平臺構(gòu)建工作經(jīng)驗。

劉老師，博士，助理研究員，博士畢業(yè)于中國科學(xué)院北京市基因組所， 北京市計算中心生物計算事業(yè)部生物信息工程師。在具有豐富的外顯子組、轉(zhuǎn)錄組等測序數(shù)據(jù)分析，疾病基因組數(shù)據(jù)解讀，公共數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)挖掘與二次開發(fā)經(jīng)驗。具有豐富的生物信息學(xué)技術(shù)培訓(xùn)授課經(jīng)驗。

袁老師，北京市計算中心生物計算事業(yè)部生物信息工程師。精通perl、R、Python、Shell

Script等編程語言，在Linux服務(wù)器運維、集群搭建、docker容器技術(shù)、數(shù)據(jù)庫及網(wǎng)站搭建方面有一定經(jīng)驗，熟悉轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的生物信息分析流程。

報名費用

注冊費：4000元/人（含聽課費、資料費、上機費，請自帶筆記本電腦以備上機實踐使用）。材料：《高通量測序與高性能計算理論和實踐》北京科學(xué)技術(shù)出版社。

付費方式

現(xiàn)金、支票、銀行轉(zhuǎn)賬、銀行匯款

單位全稱：北京市計算中心

賬號：0200151819100023937

開戶銀行：中國工商銀行股份有限公司北京永豐支行

（匯款信息里 備注上：“生物計算事業(yè)部——您的姓名”,個人匯款請備注單位名稱）

報名優(yōu)惠政策

1、2019.7.17日前報名并繳費，可享受減免200元優(yōu)惠；

2、3人以上團體報名每人可減少300元；

3、4+1團報，可免費贈送一個名額；

4、上面3種優(yōu)惠政策不能同時享受，只能享受其中一種；

5、報名即可免費贈送內(nèi)部視頻培訓(xùn)資料。

老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。 培訓(xùn)以

培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費為成功報名，培訓(xùn)座位按收到費用先后順序安排。

聯(lián)系方式

QQ號：3498448850

張老師 18618295767(微信同號）

郵箱：bcc_peixun@163.com

編輯： 會議君