- 會議時間： 2019-10-19至 2019-10-20
- 會議地點： 北京
- 電話：18803978542
- 傳真：暫無
- 聯系人：聶涵
- Email： nys627@126.com
- 聯系地址：
- 會議網址：
單細胞測序是從單個細胞水平對基因組和轉錄組進行研究。2015年以來，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技術的出現，徹底降低了單細胞測序的成本門檻。自此，單細胞測序技術被廣泛應用于基礎科研和臨床研究。通過單細胞測序可以最大程度的反映細胞的異質性，發現新的細胞群和細胞亞群，并為闡明細胞狀態轉換的調控機理提供了技術保障。單細胞技術以及數據分析方法在腫瘤、發育生物學、免疫學、神經科學等領域有重要應用，是現今生命科學研究的焦點。
會議特色
本次課程以近期CNS文章為案例主線，逐一詳細剖析，全程電腦實戰教學。理論與實踐相結合，老師將以最簡單易懂的方式，既介紹單細胞測序的研究方法、分析內容和最新前沿進展，又介紹具體的數據庫、工具和軟件的使用，并在課堂上進行上機指導。講師經驗豐富，教學深入淺出，能讓大家獲得從單細胞組學原始數據實現CNS圖形繪制的實戰能力。
講師背景
來自中科院，長期從事單細胞多組學方面的項目研究，目前已在Nature等雜志發表文章四十多篇，承擔國家科技部、國家自然基金委和重點研發計劃等多項課題。
主要內容
詳細內容見課表1.熟悉單細胞組學圖表解讀和研究思路。2.掌握單細胞組學分析標準流程和常用軟件。3.熟悉單細胞數據的分型和marker基因鑒定。4.掌握單細胞數據的軌跡分析及功能富集分析。5.了解單細胞課題設計方法及研究思路。
預期目標
本學習班由多年從事單細胞組學研究的科研人員授課，通過深入淺出的理論講解和實例案例，幫助學員拓展研究思路，提升科研水平，增加職業競爭力。通過本次課程培訓將使學員系統掌握當前主流的單細胞組學分析流程、方法和軟件，從零基礎實現到CNS圖表的繪制，同時提升研究深度和廣度，拓寬研究思路。
使用軟件
主要使用R和Rstudio，部分涉及Lniux
課程詳細課表
第一天上午：
單細胞測序技術與應用
1. 單細胞組學技術發展歷程和原理介紹。
2. 單細胞測序技術在科研領域的應用。
3. 近年單細胞技術CNS文章思路解析。
4. 單細胞文章常見圖表解讀。
5. 單細胞組學技術在癌癥、發育、免疫及在植物等領域的研究內容及思路。
第一天下午（實操）
Linux及R語言入門、軟件安裝
1. 常規基礎Linux命令入門講解及實操訓練。
2. R語言簡介及安裝，RStudio的安裝及使用說明。
3. R語言語法介紹及常用命令。
R語言數據處理實操
4. 數據處理功能及統計應用。
5. R語言畫圖實操：tSNE，小提琴圖，熱圖，網絡圖，GO、KEGG富集圖，GSEA等圖形繪制。
第一天晚上（理論）
單細胞轉錄組數據分析思路及流程
1. 單細胞高分文章分析思路解析（細胞類群確定、擬時間分析、差異表達、通路富集、轉錄因子、配體受體互作等）。
2. 單細胞轉錄組比對、定量、分群及擬時間分析等軟件及參數。
3. 單細胞轉錄組轉錄因子、功能通路及配體受體互作思路解析。
4. 單細胞組學分析常用數據庫介紹及使用。
5. 基因富集分析和可視化。
第二天上午（實操）
單細胞數據可視化、細胞分型
1. 10X官方單細胞軟件Cellranger講解及實操。
2. 從基因表達矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。
3. 通過Seurat軟件進行PCA及tSNE降維。
單細胞數據marker鑒定及差異分析
4. 單細胞轉錄組細胞鑒定及聚類分析。
5. 通過Seurat及GSVA等進行單細胞轉錄組差異分析。
第二天下午（理論+實操）
單細胞數據軌跡分析，功能富集
1. 通過Monocle軟件進行單細胞轉錄組擬時間分析。
2. 通過DAVID及metascape網站進行通路富集分析。
3. 單細胞數據分析總結。
單細胞數據挖掘思路及標書構思、準備
1. 歸納總結零成本單細胞數據挖掘思路。
2. 單細胞測序基金申請思路、準備內容及注意事項等。
聲明：
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