2020年用R語言進行科研數據挖掘

本會議由于帶著明確的目的性去學習R語言，且針對有/無R語言基礎的學員均具有很大寬容性，自開班起就廣受好評。隨著近年來生物信息學技術的普及，R語言是每個科研工作者都有必要掌握的技能，以往漫無目的的學習R效果不理想，用R去進行科研數據挖掘，既學習了R又解決了實際科研問題。

學完課程并掌握后能干什么：

1.沒有課題的時候找到課題，沒有機制的時候挖掘機制

2.為基金申請保駕護航，發表paper如虎添翼

3.掌握R語言的核心技能，GEO，TCGA，SEER的數據處理沒有壓力

4.科研繪圖：以一敵百，高端大氣，私人訂制。

這是一份帶有誠意且注重實戰的數據挖掘課程。我們的目標是：一次學習，不再報班。

課程特點：

1.不留秘密，私貨全出，全程只用R語言，關鍵步驟不隱藏。

2.第一天晚上時間充分利用，增加帶有講師指導的練習，更多的訓練時間，更好的掌握。

3.講最核心的知識，講通用的技能，學后可應用到其他數據庫的挖掘。

4.實例操作(至少3個套路)，讓你快速掌握數據挖掘套路。

5.現場完成一篇paper的思路以及圖表。

適合人群：廣大臨床/科研工作者及心有熱血被困囚籠的研究生

內容安排

第一天08:30-11:55

R語言基礎知識介紹

R語言數據結構以及循環控制(向量，因子，矩陣，數據框，列表,for循環，if控制)編寫自己的第一個批量處理數據的程序

R語言中數據框的操作(增刪改查)

真實數據的清洗和整理

R包以及bioconductor資源的使用

R包無敵安裝攻略

R語言繪圖系統

11:55-13:30統一午餐?

13:30-17:00

TCGA數據庫背景介紹+閱讀文獻

TCGA相關的網頁工具匯總學習

介紹不同的癌癥和不同組學

不同的分析套路解讀(WGCNA，signatures，miRNA-mRNA配對或者ceRNA等)

TCGA數據分析的軟硬件準備

下載及理解TCGA數據(所有數據)

R制作TCGA表型數據臨床三線表

17:00-18:00統一晚餐晚上

18:00-21:00

R語言數據框的操作練習(掌握tidyr和dplyr)

GEO數據庫成套流程實戰（數據清洗，熱圖，火山圖，氣泡圖）

如何根據需求繪制一個漂亮的火山圖(學習ggplot2)

使用R語言制作特定腫瘤所有基因表達的數據庫

第一天答疑，消化，為第二天做準備

第二天08:30-11:55

差異分析(表達數據，表達矩陣歸一化，DESeq2)

任意癌癥任意基因在癌和癌旁的表達

如果有亞型，在不同亞型中的表達

如果有腫瘤有分期，在不同臨床分期中的表達

單個基因在多個正常組織中的表達

單個基因在多個細胞系中的表達

單個基因在多個腫瘤中的表達

兩個基因的相關性如何分析

聚類注釋與圖表展示(GO/KEGG,GSEA)

使用多種統計算法定位 signatures cox,lasso回歸

生存分析

繪圖美化

任意癌癥中任意基因的生存分析

任意癌癥中批量生存分析

TCGA文章的框架分析以及復現

答疑環節

11:55-13:00統一午餐

13:00-16:30

利用GEO和TCGA數據庫找到課題

利用GEO和TCGA數據庫發掘下游機制

如何利用GEO和TCGA數據庫申請基金

如何利用GEO和TCGA數據庫發表文章

現場完成一篇生信文章的所有圖表

提出科研假設

根據科研假設下載整理數據導入R語言

在R語言中清洗和整理數據達到對應R包的要求

數據處理過程中調整分析策略

繪制各個部分需要的圖標

時間地點：

第十六期 2019/12/14-15（13日報到）? 上海維也納酒店天山西路店（會議時間兩天&一晚）

地址：上海市閔行區天山西路4086號，地鐵2/10號線虹橋地鐵站

第十七期 2020/1/4-5（3日報到）? 北京冠京飯店（會議時間兩天&一晚）

地址：北京市豐臺區豐臺北路79號，地鐵9號線七里莊地鐵站A口出

注冊費用：3400元/人? 按交費先后順序安排座次，注冊費包含會場、教材、午餐、視頻課程等費用，不含住宿費。

主辦單位：上海莫速乎教育投資有限公司、上海荊麥信息科技中心

報名咨詢：王老師? 136 2183 4129 （微信同號） msh088@126.com

請來電或者微信聯系索取word函件。

編輯： 會議君